Das Kirchensteuerverrechnungsverfahren, auch Clearing-Verfahren genannt, hat das Ziel, jeder Landeskirche diejenigen Kirchensteuern zuzuleiten, die die Mitglieder dieser Kirche gezahlt haben. Die Kirchenmitgliedschaft richtet sich bekanntlich nach dem Wohnsitz, der Zahlungseingang der Kirchensteuer aber nach dem Sitz der Betriebsstätte, die den Arbeitslohn oder das Gehalt zahlt. Im Verrechnungsverfahren werden die Beträge ermittelt, die nach dem Betriebsstättenprinzip an Finanzämter in anderen Bundesländern und damit an andere Landeskirchen abgeführt wurden und anschließend an die richtigen Empfängerinnen weitergeleitet. Dieses Verfahren wird, verbunden mit entsprechenden Richtlinien, in den Landeskirchen der Evangelischen Kirche in Deutschland (EKD) angewendet. Früher erfolgte die Verrechnung im Abstand von drei Jahren, heute erfolgt sie jährlich.