Andere Freikirchen, wie die Baptisten und die Methodisten, sind aus den evangelischen Erneuerungsbewegungen des 17. und 18. Jahrhunderts entstanden, die Herrenhuter Brüdergemeine wurde in der Zeit des Pietismus gegründet. Innerkirchliche Erweckungsbewegungen führten zu weiteren freien Gemeinden. Im Gebiet der Evangelischen Kirche im Rheinland waren das zunächst freie Gemeinden in Elberfeld im heutigen Wuppertal und am Niederrhein. Zu den Freikirchen gehören auch die Religiöse Gemeinschaft der Freunde / Quäker, die Siebententagsadventisten und die Heilsarmee, die ihre deutsche Zentrale (Hauptquartier) auf dem Gebiet der rheinischen Kirche, nämlich in Köln, hat. In den letzten Jahren sind viele neue Freikirchen gegründet worden. Auch die meisten Gemeinden anderer Sprache und Herkunft reformatorischer Herkunft sind Freikirchen.
Früher war das Verhältnis zwischen den Freikirchen und der Landeskirche stark belastet. Heute gilt es als wesentlich verbessert, mit der Evangelisch-methodistischen Kirche gibt es seit 1987 eine Kanzel- und Abendmahlsgemeinschaft. In vielen Einrichtungen der evangelischen Kirche und im Diakonischen Werk arbeiten engagierte freikirchliche Gemeindeglieder mit. Die rheinische Kirche pflegt den Kontakt zu den Freikirchen in der Arbeitsgemeinschaft Christlicher Kirchen (ACK) und gemeinsam mit der Evangelischen Kirche von Westfalen lädt sie regelmäßig zum Forum Freikirchen in NRW ein. In den Jahren 2016/17 wurde das schwierige Verhältnis von evangelischen Frei- und Landeskirchen durch ein Forschungsprojekt „Heilung der Erinnerungen“ aufgearbeitet. Die Freikirchen sind Mitglied beim Diakonischen Werk , bei Brot für die Welt , dem Evangelischen Entwicklungsdienst und dem Evangelischen Missionswerk.
